MR Sistemleri özel güvenlik prosedürleri gerektiren ekipmanlardan oluşan pahalı ileri düzey teşhis cihazlarıdır. MR sistemlerinde çok güçlü mıknatıslar kullanılmaktadır bu nedenden dolayı MR görüntülemenin, canlı organizma üzerinde şu ana kadar kanıtlanmış herhangi bir zararı yoktur. Ancak MR güvenlik kurallarına uyulmaması durumunda MR cihazı yaralanma, can kaybı veya pahalı cihaz hasarlarına yol açabilmektedir. Çekim yapılacak odaya vücut içerisinde veya MR uyumlu olmayan ekipmanlarla özellikle Ferromanyetik (Kuvvetli biçimde mıknatıslardan etkilenen) Demir, Nikel, Kobalt ve alaşımlarını içeren malzemelerle girmek hasta ve görevli personel için ciddi, hatta ölümcül kazalara sebep olabilmektedir.

Dünya genelinde yapılan araştırmalar MR ile ilgili yaralanmalar ve meydana gelmiş ölümlerin çoğunun oluşturulan güvenlik kurallarına uyulmaması sonucu oluştuğunu göstermektedir.

Kalp pili, kardiyak defibrilatör cihazları, metalik kalp kapağı protezi, İşitme cihazı, orta kulak tüpü bulunanlar ile tüm nörostimülatör aygıt taşıyanlar, anevrizma klipleri olanlar, kemik stimülatörleri ile elektronik ilaç pompası taşıyanlar, kateter ve damar stenti takılanlar, metalden yapılmış her türlü cihaz ve eşya ile cep telefonları, kredi kartları, saatler, toka, metal fragmanlar ve diğer elektronik aygıtlar inceleme odasına sokulmazlar.

MR eşliğinde kullanılması gereken tıbbi malzeme ve cihazların da MR ile uyumlu olması gerekmektedir.